Los fundadores construyeron la primera capilla en la manzana suroeste d e la plaza. Dicha Capilla era de paja y bareque y sin comodidad alguna. Allí se celebraron  los primeros ejercicios del culto, tributados a San José, titular de la Parroquia.

El sitio que ocupó la Capilla es precisamente donde tiene un solar el Señor Marucho Vargas. Transcurridos algunos años, el Señor Obispo Juan de la Cruz Gómez Plata, en visita pastoral efectuada a Pácora el 9 de Febrero de 1837. Constató que la tal Capilla no era digna y decente para celebrar los oficios religiosos, y en el artículo segundo del acta, se refiere a la construcción de un nuevo templo, en esta forma: “Como estamos persuadidos que los vecinos de esta Parroquia han de llevar a dar culto a Dios y como por otra parte no es decoroso que el Santísimo Sacramento permanezca reservado en la en la capilla pajiza y poco digna, porque en ella se le den los cultos que se merecen; mucho menos no habiendo las alhajas y ornamentos correspondientes al caso; tenemos a bien mandar que desde el día de la publicación de este acto, se consuma la Hostia que existe en la custodia y las formas que hay en el pixis y desde ese momento se aplicaran las rentas que hay en la Cofradía por cuenta  de los gastos en edificar un nuevo templo, y luego de este edificio esté concluido por seis meses más en adelante se aplicarán para comprar las alhajas y ornamentos más necesarios para que el culto de Nuestro Amo se haga con las solemnidades y decencia que exige la liturgia sagrada. Terminando el templo y pasados los seis meses indicados se volverá a colocar otra vez el Santísimo en la manera que hasta aquí lo ha estado.

Mandamos que el Sagrario sea hecho de nuevo y que el que existe se le quiten los espejos con que se halla adornado su interior, y en su lugar se pongan otros adornos menos profanos”

Los vecinos oyeron al Pastor y muy pronto pusieron manos a la obra, de acuerdo con el Señor Cura Pablo José Quintero. Destinaron un lote en la plaza para levantar el templo nuevo, más o menos donde está hoy la casa cural. Dirigió los trabajadores el señor José Ignacio Bolívar y en otros menesteres se ocuparon Saturnino Bernal, Jesús María Jaramillo, José de la Serna, Eugenio Pérez, Antonio León, Vicente Agu7delo, Florencio Cárdenas, Ciríaco  Restrepo y Juan Ignacio Marín. Toda la Capilla era de madera y con una capacidad para quinientos fieles. Tenía una pequeña torre en donde iban las campanas; un altozano de ladrillo, de cinco varas de ancho; techo blanqueado y columnas embarnizadas; ventanas a los lados y una puerta que daba una especie de calle, conocida con el nombre de puesta del perdón y que fue mandada a cerrar por el señor Obispo. En el centro del Sagrario pintada una custodia y en su interior ostentaba una labor de plata con algunos espejuelos como adorno. Había dos gradas, separadas del cuerpo de la iglesia por una baranda, cubierta con un paño blanco.

Practicaron ejercicios espirituales en esta capilla, los Pbros. Mejía, Toro y Pineda, después de que el señor Cura recibió autorización  para bendecirla: “Tenemos a bien -dice el obispo- facultar bastantemente el señor Cura para que bien pueda bendecir la parte de la iglesia nueva de aquella parroquia que se encuentra aparejada y decente para el servicio del culto”. El 30 de Julio de 1845, el Pbro. Rafael Patiño, pidió licencia para bendecir la otra mitad de la iglesia y le fue concedida el 25 de Agosto.

En Marzo de 1874 le permitieron colocar el Santísimo. Este permiso lo firma J.M. Lobo Rivera” A fines de 1890 se encontraba en ruinas dicha capilla.